Archeologické muzeum ostrova Mykonos se nachází v přístavu hlavního města a jeho existence čítá již více než sto let. Sbírka zahrnuje nejrůznější předměty a archeologické objevy sahající až do období pravěku, avšak pokrývající i období mladší. K vidění jsou vázy, amfory a další keramika, šperky, sochy (například nahý Hérakles, který je unikátem svého druhu), hliněné figurky, náhrobní desky a kameny. Většina položek expozice pochází z nedalekých ostrovů Delos a Rhenia, kde byly odhaleny jedny z nejvýznamnějších archeologických nalezišť v celém Řecku.
Muzeum je pro veřejnost otevřeno každý den od rána do odpoledne kromě pondělí. Za vstup se platí drobný poplatek, přičemž studenti a děti mohou uplatnit slevu.